Por volta da metade do século XIX, o café se tornou o produto mais importante da economia brasileira e seu cultivo se expandiu rapidamente em direção ao oeste paulista. Com as plantações cada vez mais distantes do porto de Santos e da capital do estado, um meio de transporte mais eficaz passou a ser necessário para o escoamento dessa produção.

A primeira estrada de ferro de São Paulo foi idealizada por Irineu Evangelista de Souza, o Barão de Mauá, e propunha que a Serra do Mar fosse percorrida por uma linha férrea entre Santos e Jundiaí. A estrada foi construída em 1867 por empresas inglesas que, em troca, obtiveram do Brasil o monopólio do transporte ferroviário na Serra do Mar. Era fundada, assim, a São Paulo Railway Company, cuja sede ficava onde atualmente está a Estação da Luz, no centro de São Paulo.

A companhia controlava o trecho mais importante para o transporte do café e não tinha interesse em ampliar seus serviços. Então, os chamados barões do café e os produtores de algodão se uniram com o propósito de levar a malha ferroviária até o interior do estado. Divergências com relação aos trajetos fizeram com que uma mesma região fosse atendida por duas companhias: a Ituana e a Sorocabana.

A Sorocabana foi inaugurada 1875, tendo à frente o empresário húngaro Luís Matheus Maylasky, que obteve junto ao Império o financiamento necessário para colocar a ferrovia em operação. O alto custo de manutenção e a má administração da estrada de ferro geraram enormes dívidas, que dependiam de empréstimos para ser liquidadas. A situação financeira da Sorocabana se agravou com a crise na produção algodoeira e, em 1880, o Governo do Império, seu maior credor, interveio na administração. A principal medida foi a transferência da sede da empresa de São Paulo para o Rio de Janeiro, onde ela permaneceria sob fiscalização mais severa.

Em dezembro do mesmo ano, o banqueiro Francisco de Paula Mayrink, um dos homens mais ricos e influentes do Império, assumiu o controle da Sorocabana. Mayrink pretendia levar a estrada de ferro até o litoral, pondo fim ao monopólio da São Paulo Railway Company. A construção desses trilhos era essencial para a Sorocabana, pois permitiria realizar o transporte entre o oeste paulista e o litoral sem depender da companhia inglesa. Em 1892, a Sorocabana absorveu a endividada Ituana, pondo fim às rivalidades pelo transporte no interior do país.

O projeto para a construção da linha que integraria o interior a Santos foi aprovado pelo Governo em 1895, mas, devido à falta de recursos, acabou não sendo realizado. Em 1901, foram descobertas irregularidades administrativas que incluíam desvio de recursos e roubo de material das obras. O interventor federal Francisco Casemiro Alberto da Costa propôs, então, a venda da Sorocabana. Sem oferta que cobrisse as dívidas, o Governo decidiu administrar a empresa e, para isso, nomeou o engenheiro Alfredo Maia, que já controlava a Estrada de Ferro Central do Brasil.

Em 1904 a Sorocabana foi levada a leilão e adquirida pelo Governo Federal, que, em seguida, a repassou para o Estado de São Paulo. Em 1907, ela foi arrendada para um grupo franco-americano que controlava outras empresas férreas no Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul e era dirigido pelo investidor norte-americano Percival Farquhar.

Com o início da Primeira Guerra Mundial, em 1914, os capitais que financiavam Farquhar diminuíram e suas empresas entraram em uma grave crise. A situação se deteriorou rapidamente e, ainda em 1914, sua falência foi decretada nos Estados Unidos. Nos anos seguintes, o Governo Federal e os estados do Sul se esforçaram para retomar as principais ferrovias enfrentando os diversos processos que Farquhar possuía, tanto nos Estados Unidos quanto no Brasil.

Em 1919 a Sorocabana voltou a ser controlada pelo Estado de São Paulo e passou a se chamar Estrada de Ferro Sorocabana. Era a vez de Arlindo Luz colocar em prática um plano geral de recuperação: a implantação de um ramal para o litoral, a modernização das frotas e a construção de um terminal em São Paulo marcaram os anos 1920 como o auge da Sorocabana. O trecho que unia Mairinque a Santos foi finalizado em 1938, após 14 anos de difíceis obras que exigiram a participação de 41 empresas, 13 mil operários e construíram, além dos 262 km de trilhos, 32 túneis, 18 viadutos e 100 muros de arrimo.

Foi nesse período de prosperidade que a companhia decidiu construir um grande edifício onde pudesse concentrar todas as suas atividades. Uma estação para a “metrópole do café”, um símbolo de riqueza e poder. Em 1925, o arquiteto Christiano Stockler das Neves entrega o projeto da Estação Júlio Prestes e suas obras são iniciadas no ano seguinte. A conclusão do prédio só aconteceria 12 anos depois, devido a mudanças políticas, problemas financeiros ocasionados pela crise de 1929 e brigas do arquiteto com a administração da ferrovia.

Eventos como a quebra da Bolsa de Nova York (1929), a Revolução Paulista de 1932 e a Segunda Guerra Mundial (1939-1945) levaram a Sorocabana a enfrentar, em 1948, o seu primeiro saldo negativo, fato do qual jamais se recuperou. Por conta da Grande Guerra houve uma violenta queda nas exportações de café, além da impossibilidade de se dispor de materiais para reposição e manutenção das linhas.

Outros problemas podem ser apontados para o agravamento das condições da Sorocabana: a imposição governamental para que a empresa absorvesse outras, também deficitárias; programas inconclusos de modernização – notadamente o projeto de eletrificação iniciado em 1940 e abandonado em 1969 após elevados gastos, o que obrigou a empresa a conviver tanto com locomotivas a diesel quanto com elétricas –; e o entusiasmo com o parque automobilístico que se instalava no Brasil e a opção pelo transporte rodoviário, fator decisivo para relegar o ferroviário a segundo plano.

Em 1971 a Fepasa (Ferrovia Paulista S/A) foi criada para agregar todas as empresas estatais paulistas de transporte ferroviário, com um plano de ampla reestruturação: desativar trechos deficitários e concluir obras inacabadas. Como sede dessa nova empresa, foi escolhido o edifício da Estação Júlio Prestes.

Em 1992 a Fepasa criou a Coordenadoria de Recuperação do Patrimônio Histórico e Ambiental (CPH), visando desenvolver trabalhos de revitalização dos bens ferroviários. Na Estação Júlio Prestes, além de obras de restauro e conservação de todo o conjunto, a estratégia utilizada foi abrir seus principais espaços para a realização de eventos.

Foi nesse contexto que, em 1997, o arquiteto Nelson Dupré foi convidado pela Secretaria de Estado da Cultura a participar da concorrência para a restauração do edifício. O objetivo do projeto era a adequação do espaço para uso da Orquestra Sinfônica do Estado de São Paulo – Osesp, com a implantação de uma sala de concertos onde antes ficava o jardim de inverno do imóvel.

Em 1º de abril de 1998 o Governo do Estado de São Paulo entregou a Fepasa à União como forma de quitar suas dívidas. Com o acordo que concedeu o uso do edifício à Secretaria de Estado da Cultura, teve início o processo de restauro da Estação Júlio Prestes, com projeto de Dupré e a consequente convivência de um complexo cultural e uma estação de trens.

A Sala São Paulo, como é conhecido o edifício desde então, foi inaugurada no dia 9 de julho de 1999, mesma data em que foi tombada como patrimônio histórico pelo Condephaat (Conselho de Defesa do Patrimônio Histórico). No concerto de inauguração, a Osesp apresentou a Sinfonia nº 2 – Ressurreição, de Gustav Mahler.